嘉兴生态环境科技创新联合实验室成立于2006年6月29日，基地落户于嘉兴市农业科学研究院。

2006年成立以来，联合实验室针对水体污染控制与治理、污染土壤生物修复技术、农业面源污染生态工程治理技术、农田养分及有机物的高效管理技术、生态循环农业模式构建及技术集成与示范、农村生活垃圾和污水的处理与循环利用技术、废弃物的控制与循环利用技术等方面开展了大量研究。目前，基地在研科技项目5项，其中国家自然科学基金项目2项，分别为“新育成超高产水稻种质的需氮特征、氮素环境效应及机制研究”和“水稻秸秆还田对土壤砷生物有效性和籽粒砷积累的影响”；浙江省自然科学基金项目2项，分别为“秸秆还田对长期畜禽排泄物施肥农田水稻中镉迁移转化的影响及其机制”和“超高产籼粳交水稻种植对稻田N2O排放的影响及其与品种特性的关系”；嘉兴市公益性应用技术研究计划项目1项，暨“嘉兴河网水源生态湿地冬季氨氮强化去除技术研究”。

联合实验室在嘉兴经济社会发展中也发挥着越来越重要的作用。其参与的“嘉兴市石臼漾水厂生态湿地工程”项目2011年获“中国人居环境范例奖”，2012年又被联合国人居署授予“迪拜国际改善居住环境最佳范例奖”（全球百佳范例），为水质型缺水城市水环境整治树立了典范，也成为嘉兴“五水共治”的一个样板工程。参与的“浙江北部低洼田湿地农业种养结合模式构建及其机理研究”项目系统开展了低洼田种养模式对水、土壤和大气等生态环境的影响，以及对藕、菱生长发育和品质及水产品品质的影响的研究，促进了当地湿地生态农业的发展。