嘉兴农作物高新技术育种中心成立于2005年，是嘉兴市人民政府举办的具有独立法人的事业单位。

中心成立以来，已有多个遗传发育所创新小组进入中心开展合作研究，合作开展了高抗白叶枯并基因Xa23的利用研究，野生稻高产基因yld1.1、yld2.1的利用研究，光温敏核不育系的利用研究，光身稻基因、水稻两性不育基因克隆及新品种育繁推技术研究，光身稻基因、水稻两性不育基因克隆及新品种育繁推技术集成研究等研究。目前，中心在研项目10项，其中973项目子课题、中科院重大项目和省科技的重大科技专项各1项。

中心通过常规育种与分子标记辅助育种相结合，育成了田间条纹叶枯病抗性较好的高产晚粳稻新品种秀水112、秀水123已分别通过浙江省和上海市的品种审定，秀水134于2010年初通过浙江省品种审定。这三个新品种2009-2012年已在浙江省、上海市共推广600多万亩，以平均每亩增产25公斤计，已增产粮食1.5亿公斤，新增社会经济效益2.3亿元。